法门寺供奉佛骨舍利的木塔，在战火纷繁的十六国和南北朝混战时期，屡遭破坏。
尤其是北魏太武帝拓跋焘，采纳了崔浩的建议，禁佛教，毁佛经、佛像和塔寺，致使该寺舍利塔，在劫难逃成为废墟。
但当时仍有信徒，不断前来烧香敬佛，这里被当时的人们，称为「圣冢」。
公元558年，北魏皇室後裔、岐州牧拓跋育，修复了阿育王寺和舍利塔。
并於西魏恭帝元魏二年，首次开塔瞻礼舍利，该寺由此名声大振，成为中国四大佛教胜地之一。
隋文帝开皇三年，即公元583年，曾经将其改名为「成实道场」，舍利塔被称作"成实道场合利塔"。
仁寿二年，即公元602年，右内史李敏二次开塔瞻礼。
隋义宁二年，即公元618年，改」成实道场"为"法门寺"，塔也名为"法门寺舍利塔"。
是年，法门寺不幸遭遇火焚，一片冲天火光後，仅剩塔基残垣。
唐太宗贞观五年，岐州刺史张德亮，在塔基上修筑望云殿，以殿代塔，殿楼4层。
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