萧长卿得知前因后果，感念于慕容恂对妹妹一片痴心，把他当家人看，逐渐将萧家军放权给他。
三年时间，慕容恂兑现了他的承诺，他虽然不会带兵打仗，但努力学习兵法，宽仁待人，加上有萧长卿帮忙，把萧家军打理得井井有条，仁厚之名远扬，在军中树立起一定的威望。
长乐二十六年秋，天子病危，太子和三皇子之间的斗争日益紧张，已经到了在朝堂上能撕破脸皮面对面打起来的程度，就在众人眼巴巴等着看这场党争的结果时，长安城爆发了鼠疫。
鼠疫来势汹汹，传染速度和死亡率都极高，一时间长安城里四处都是飘动的白幡，家家户户都挂着白绸带，死的人实在太多，周围的山头都埋不下了，大街上和阴沟里随处可见用草席随便一裹，被遗弃的尸体。
远在边关的慕容恂听说了这件事，当即决定带兵回长安，救国都于水深火热。
萧长嫣打算跟他一起回去，慕容恂一开始不同意，但被萧长嫣那句“我懂医理，能帮上忙”说服了，夫妻俩日夜兼程赶回长安，接手了几乎乱成一锅粥的长安城。
慕容恂带领将士负责焚烧掩埋尸体，隔离染病的城中居民，维持城中秩序，萧长嫣则和太医院的人研发治疗鼠疫的特效药，在熬了三个多月后，鼠疫药终于问世。
这场肆虐了半年的鼠疫夺去长安城一半人的性命，无论是平民百姓还是达官显贵，都没能幸免。
鼠疫过后，长安城一片萧条，这个节骨眼上，缠绵病榻快一年的天子驾崩了。
天子驾崩，意味着改朝换代，国丧后，眼看三皇子和太子又要因为皇位打起来，这时不知道哪儿传来的谣言，说三皇子和太子多年党争触怒神明，这场鼠疫就是神明降下的灾罚。
谣言愈演愈烈，深受鼠疫之苦的百姓出离愤怒了，废太子和三皇子的呼声也越来越高。
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